一方面，企业对市场需求反应最灵敏，对技术升级意愿最强烈，是融通“四链”、协同产学研的关键桥梁。强化创新链支撑产业链，要充分发挥创新企业尤其是科技领军企业的“链主”作用，支持“链主”勇担国家重大科技战略项目；通过“领军企业出题、科研机构答题”等模式，推行“订单式”研发，产出更多符合产业需求的专利。促进资金链对接产业链，要引导社会资金“投早投小投科技”。对于较难获得银行信贷的初创型科技企业，完善天使资本、风投资本及产业资本退出机制，提高国有投资基金的容错率，发展多层次资本市场。
另一方面，建立以企业为主体的创新体系，并不代表政府“放手”。恰恰相反，政府要千方百计为具备创新能力的企业创造利用要素的条件，完善激励等机制。比如MRCAT188，基础研究领域公共属性明显，更有赖于政府投入；引导企业前瞻部署基础研究，也需完善“政府+企业”多元投入机制。又如，中小企业普遍缺乏突破行业关键共性技术的能力与资金，需由政府引领搭建共性技术平台。
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